Ну во-первых, какой проект вы создали? В НЕРО вы выбрали именно CD-Audio, или обычный CD-ROM? Если выбрали правильно - первое - без конвертации из FLAC не могло пройти (и, как я помню, НЕРО в "стандартной комплектации" не имеет соответствующего декодера - только плаг-ин). WAV - должен был просто перепаковаться (вернее просто избавиться от контейнера - это работает в НЕРО и так). Если же выбрали CD-ROM - то такой диск напрочь не соответствует CDDA, и, следовательно, читаться на стационарных CDDA-плеерах не обязан (но будет читаться на ПК).
Во-вторых, если вы всё выбрали верно и таки записали правильный CDDA, причиной "невидимости" диска могла послужить его RW-природа - низкая отражающая способность (некоторые старые и сильно брендовые плееры могут в принципе не увидеть столь слабо отражённое неясное пятно).