А как же, конечно сталкивались.

Понимаете, программно (т.е. на уровне уровне глюков ОСи ДВД-плеера) диски для самого плеера выглядят одинаково вплоть до того момента, где случится перескок на второй слой. Нет, конечно, в *ИФО лежит информация о точке LB (момент перехода на другой слой), но до поры до времени плеер её в расчёт не берёт - она "сработает" лишь в нужный момент, указав, когда переключиться и куда. Т.е. грубо говоря, ситуация "плеер видит что это ДВД-9 (по ифо) и не играет" - маловероятна, скорее это из области фантастики, из рассказа про плеер, который обрёл разум, или сам себя перепрошил (хм ,чем? новое по сам себе тоже написал).
С точки зрения физического считывания - все диски изначально являются двухслойными, просто на ДВД-5 на втором слое нет информации. Так что странно всё это, и больше похоже на совпадение.
Вы таки слегка почистили, или так пытаетесь что-то делать? Чисто теоретически, конечно, возможно всё - вплоть до влияния влажности среды и задымлённости воздуха, особенно курильщиков касается (всё же окружающая среда тоже ведь учавствует в "процессе" считывания).