kruger
ИМХО - лучше плагином сразу в CDDA - чтобы не терять разметку диска (если она есть, конечно). Хотя можно и в WAV с разметкой cue, но зачем плодить промежуточных форматов, когда можно напряму? Чем больше вы перекладываете тот же самый контент из одного формата-контейнера в другой, пусть и без потерь в самом контенте, тем больше вероятности отступить от оригинала в плане разметки оригинального диска...
П.С.
Кстати, есть ещё такая удобная программка - писалка CDDA - Easy CD DA Extractor. На входе понимает и FLAC, и APE (Monkey-s Audio), и M4A (iPod AAC and Apple Lossless), а так же если надо - 3G2, 3GP, MP1, MP2, MP3, Windows Media Audio (WMA), Ogg Vorbis (OGG), MP4, AAC, aacPlus (AAC+ and eAAC+), Musepack (MPC), WavPack (WV), WAV, AIFF, плюс разметки CUE и листы M3U.