Да по идее надо бы эти дорожки муксить в ави-файл. Муксить ас3 можно, например, тем же NunDub... А вот чем прикрутить дтс - я не в курсе, хотя один раз попался ави именно с дтс-ом. Можно попробовать новые версии VirtualDubMod - может получится.
Кстати, а значений задержек не прилагалось? Если нет, то либо файлы уже с задержкой, либо... либо придётся подбирать руками.
А можно попробовать даже не муксить потоки - Media Player Classic, например, сам цепляет потоки, если они имеют одинаковые имена с видеофайлом.