CRC - Cyclical Redundancy Check. В общих словах - система обнаружения ошибок в данных, хранящаяся прямо в самом файле. Включение её приводит к проверке плеером целостности и правильности данных в файле мр3 при его проигрывании. Но! Учитывая то, что большинство кодеков почему-то неправильно считают контрольную сумму CRC, то этот самый "контроль CRC" лучше вообще не включать во избежание глюков при проигрывании. Кстати, часто мой винамп, например, при включении CRC неправильно определял время звучания... Да и размер файла увеличивается опять же... Короче - не включать однозначно.
Касаемо "Stereo" и "Joint Stereo" - в первом случае кодится полноценные два канала, правда тоже с оговорками, во втором - в общих опять же словах, что-то вроде разницы между каналами... Но на слух многие даже не поймут, где стерео, а где joint

Ну а лучший вариант - Dual Channel - тут уже два канала польностью независимы. Итак, если цель - прежде всего получение минимального объёма при слушабельном качестве, то стоит кодить в joint - ничего страшного не случится, особенно если условия прослушивания очень далеки от идеальных (портатив, авто), ну а если резмер файла значения не имеет, и при этом хочется добиться максимально точной копии - то stereo или dual channel. Ну и конечно же VBR.
Вообще, если интересно почитать про кодирование МР3, рекомендую посетить некоторые сайты,
этот, например, или вот
тут - полностью о том, как cграбить с сидюка. Там всё подробно и довольно понятно.